علی هاشمی، در تیرماه سال 66 به فرماندهی «سپاه ششم امام صادق» منصوب شد که چند تیپ و لشکر، بسیج و سپاه خوزستان، لرستان و پدافند منطقه هور از «کوشک» تا «چزابه» را در اختیار داشت.

روز چهارم تیر ماه سال 1367، متجاوزان بعثی، حمله‌ای گسترده و همه‌جانبه را برای بازپس‌گیری منطقه هور آغاز کردند. حاج علی در آن زمان، در قرارگاه خاتم4، در ضلع شمال شرقی جزیره مجنون شمالی مستقر شده بود.

پس از آن، جستجوی دامنه‌داری برای یافتن حاج علی هاشمی آغاز شد اما به نتیجه ای نرسید. از طرف دیگر، بیم آن می‌رفت که افشای ناپدید شدن یک سردار عالی رتبه سپاه، جان او را که احتمالا به اسارت درآمده بود به خطر بیاندازد، به همین سبب تا سال‌ها پس از پایان جنگ، نام حاج علی هاشمی کمتر برده می‌شد و از سرنوشت احتمالی او با حزم و احتیاط فراوانی سخن به میان می‌آمد. نه مراسمی برایش گرفته شد، نه یادواره‌ای برایش برگزار شد و نه یادمانی به نامش برپا گردید. اما پس از سقوط صدام هم خبری از سرنوشت فرمانده سپاه ششم به دست نیامد.